El frijol soya contiene un promedio de 40% de proteínas, cantidad considerablemente más alta que en cualquier otra leguminosa (promedio 20 a 30%) o cereal (8 a 15%). Además, las proteínas de soya contienen todos los aminoácidos esenciales para el organismo humano.

Para determinar la calidad de proteínas, la proporción de aminoácidos esenciales es más importante que el contenido absoluto de cada aminoácido esencial. La proteína de soya se compara muy bien con el patrón de referencia de contenido de aminoácidos según la FAO, a excepción en los aminoácidos sulfurados.

El frijol soya tiene limitantes en aminoácidos sulfurados de cistina y metionina, pero contiene suficiente lisina para superar la deficiencia de lisina de los cereales. La proteína de soya es particularmente valiosa debido a que su composición de aminoácidos complementa la de los cereales. Por lo tanto, las combinaciones de cereales y soya tienen un valor nutricionalmente mejorado que cada uno de éstos por separado. Numerosos estudios de balance de nitrógeno demostraron que la proteína de soya, cuando es dado como la única fuente de proteína, es capaz de cubrir las necesidades de las y los adulta/os cuando es consumida a nivel proteínico recomendado (0.6 gramos / kilogramo de peso corporal / día).

La grasa en la soya tiene una composición excelente. Más del 80% de los ácidos grasos en el frijol soya son no-saturados. Los ácidos grasos esenciales, el ácido linolénico y el ácido linoleico, que no son producidos por el cuerpo humano y que necesitan ser ingeridos en los alimentos, se encuentran en cantidades importantes en la grasa de soya. Además, el aceite de soya no contiene colesterol.

Para conservar una buena salud, los científicos están de acuerdo en que es necesario reducir el consumo de grasas saturadas en la dieta diaria y aumentar la proporción de grasas no-saturadas.

Las grasas saturadas, que se presentan en alimentos de origen animal (la mantequilla, la crema, las carnes grasosas de cerdo y de res, la leche de vaca integral y sus derivados) y en algunas grasas vegetales (la del coco y la palma), son el factor primario causante del aumento de los niveles de colesterol en el suero sanguíneo. Entre más colesterol hay en el torrente sanguíneo, mayores son las probabilidades de desarrollar enfermedades cardíacas.

Casi todas las vitaminas principales, excepto vitamina C y D están presentes en cantidades variables. Las vitaminas hidrosolubles: la tiamina, piridoxina y ácido fólico están presentes en proporciones mayores comparadas con las otras. Cantidades importantes de hierro, calcio y fósforo también se encuentran en el frijol soya.

Los carbohidratos de soya no contienen lactosa. Así, los productos de soya ofrecen una alternativa para las personas que son alérgicas a la leche de vaca. La leche de vaca contiene 5% de lactosa.

El frijol soya contiene algunos compuestos, como los inhibidores de proteasa y el ácido fítico, saponinas e isoflavonas que se han considerado tradicionalmente como antinutrientes.

La comunidad científica ha comenzado a apreciar la importancia de los compuestos dietéticos no nutritivos o las sustancias fitoquímicas en alimentos -como el frijol soya- que presentan concentraciones relativamente elevadas de varios compuestos con una actividad anticancerígena comprobada.